Das vertikal orientierte gel weist eine zweiteilung in sammelgel und trenngel auf. Wegen des starken denaturierungseffekts von sds und der folgenden aufspaltung von proteinkomplexen können in der regel mit sds keine quartärstrukturen bestimmt werden. Etwa 0 1 sds reicht aus um die polypeptidkette zu sättigen dieses entspricht etwa zwei aminosäuren pro sds molekül.
